Мұрат Қыдырғанбеков мемлекеттік қызметте 2008 жылдан бері жұмыс істеп келеді. Еңбек жолын Саран қаласының кәсіпкерлік бөлімінің бас маманы лауазымынан бастады.
2011 жылдан 2018 жылға дейін Қарағанды облысының өнеркәсіп және индустриялық-инновациялық даму басқармасының бас маманынан бастап басшының орынбасарына дейінгі жолдан өтті.
2018 жылдан 2020 жылға дейін облыс әкімі аппаратында ұйымдастыру-инспекторлық бөлімінің бас инспекторы болып жұмыс істеді.
Осы уақытқа дейін ол аймақтың Кәсіпкерлер палатасы директорының экономикалық мәселелер жөніндегі орынбасары қызметін атқарды.