Марат Шайхутдинов родился в 1959 году.

Образование:

1982 г. - Карагандинский государственный университет.

Трудовая деятельность:

1984-1986 гг. - инструктор Ерементауского райкома Компартии Казахстана Целиноградской области и  Кировского райкома Компартии Казахстана города Караганды.

1986-1990 гг. - инструктор, заведующий идеологическим отделом Карагандинского горкома Компартии Казахстана.

1990-1994 гг. - младший научный сотрудник, заведующий отделом, директор центра при Центрально-Казахстанском отделении Академии наук Республики Казахстан.

1994-1997 гг. - президент АПК «Сары-Арка» города Акмолы.

1998-2000 гг. - президент ЗАО «Мирас» города Астаны.

2000-2005 гг. - директор Казахстанско-Российского университета.

2005-2006 гг. - главный  инспектор Секретариата Государственного секретаря Республики Казахстан.

2006-2007 гг. - заместитель заведующего Центром внешней политики Администрации Президента  Республики Казахстан.

2007-2009 гг. - директор Института мировой экономики и политики при Фонде Первого Президента Республики Казахстан.

2009 г. - председатель Комитета внешнеполитического анализа и прогнозирования Министерства иностранных дел Республики Казахстан.

2009-2015 гг. - заместитель Секретаря Совета Безопасности Республики Казахстан.

2015-2018 гг. - первый заместитель Секретаря Совета Безопасности Республики Казахстан.

С 7 августа - 19 сентября 2018 г. - временно исполняющий обязанности помощника Президента - Секретаря Совета Безопасности Республики Казахстан

28 марта 2022 года освобожден от должности первого заместителя Секретаря Совета Безопасности Республики Казахстан.