Е. Жилкибаев родился в 1982 году в Южно-Казахстанской области. Окончил Южно-Казахстанский государственный университет им. М. Ауэзова, Академию государственного управления при президенте РК, Восточно-Казахстанский государственный университет им. С. Аманжолова. Об этом сообщается на сайте primeminister.kz.
Трудовую деятельность начал главным специалистом отдела социальной политики департамента экономики Южно-Казахстанской области.
В разные годы работал в канцелярии премьер-министра РК, министерстве экономики и бюджетного планирования РК, аппарате Восточно-Казахстанской области, администрации президента РК. С мая 2016 года по март 2019 года занимал должность акима Медеуского района города Алматы.
С 26 марта по 29 апреля 2019 года — вице министр труда и социальной защиты населения РК. С апреля 2019 года и по настоящее время — первый вице-министр труда и социальной защиты населения РК.
